柯基犬四肢矮短，是容易發生椎間盤突出的犬種[65]。體長>體高和椎間盤突出的發生率成正比，軀體相對越長的狗越容易發生椎間盤異常的情況，例如椎間盤疾病及提早鈣化。椎間盤位於脊隨骨之間，當椎間盤退化或突出時，就可能造成脊隨神經被壓迫或損傷，造成犬隻疼痛及出現神經功能障礙，如共濟失調(指協調困難和步態不穩)、肢體無力、癱瘓等 。 此外，此犬種帶有影響犬隻腿短的「FGF4反轉錄基因」，在外觀上會有明顯不成比例的短腿(侏儒症)。研究顯示 具有「12-FGF4RG基因」的犬隻罹患椎間盤突出是沒有該基因犬隻的5.5-15.1倍[5]。 另外，體長÷體高>1.11的品種，除了容易發生椎間盤突出之外，罹患髖關節發育不良症機會是一般品種8.25倍。髖關節發育不全是由於股骨關節畸形，導致髖部鬆弛及脫垂，因此關節銜接處會有不正常的受力，伴隨關節炎，導致疼痛甚至喪失髖關節功能，使狗無法行走。
為造成柯基犬前肢單側或雙側跛行的常見原因之一[10],[21]，已有許多證據指出肘關節發育不良是受到多基因影響的遺傳疾病。病程開始時症狀可能不明顯，在運動過後症狀便可能加劇，通常在適當休息後能稍獲改善；症狀嚴重者，可能會造成關節軟骨損傷及繼發骨關節炎，進而造成急性或慢性疼痛。
髖關節發育不良為受到多基因影響的遺傳疾病[10]，這類疾病是造成柯基犬後肢單側或雙側跛行的常見原因之一，患病的犬隻可能會表現出兔子跳、不願意移動或運動不耐的情況，並可能伴隨急性或慢性的疼痛。
髕骨是位於膝蓋上的種子骨(指嵌入肌腱內的骨頭)[21]，由四頭肌腱包覆在膝關節中，雖然所有犬種都有可能發生髕骨脫臼，但小型犬相較於大型犬更容易發生此病。柯基犬的髕骨脫臼根據其嚴重程度可以分為四級，最輕微者(1級)髕骨需要受到外力推動才會移位，當外力消失時髕骨便會回到正常位置；最嚴重者(4級)髕骨已經完全無法透過外力固定，犬隻也會發生嚴重跛行、步態異常等症狀，可能需要透過手術治療才能改善。
永久性瞳孔殘膜、多生睫毛、白內障、原發性窄角青光眼、漸進性視網膜萎縮症、視網膜增生不良
髖關節增生不良、肘部增生不良、髕骨脫臼
會陰疝氣
胱氨酸尿症/胱氨酸膀胱結石
甲狀腺功能低下
退化性脊髓病[11]、椎間盤突出疾病
