牧羊犬眼異常
牧羊犬眼異常是一種先天眼部疾病[24]，是來自體染色體隱性疾病的特徵，眼睛的某些部分（特別是視網膜）發育不全。會造成邊境牧羊犬的鞏膜、脈絡膜、視神經盤、視網膜等部位缺陷，且通常會是雙眼同時發生，症狀可能從完全無異常至雙眼失明皆有可能，目前無較理想的治療方法。
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牧羊犬眼異常是一種先天眼部疾病[24]，是來自體染色體隱性疾病的特徵，眼睛的某些部分（特別是視網膜）發育不全。會造成邊境牧羊犬的鞏膜、脈絡膜、視神經盤、視網膜等部位缺陷，且通常會是雙眼同時發生，症狀可能從完全無異常至雙眼失明皆有可能，目前無較理想的治療方法。
癲癇是一種腦部異常放電的狀態[54]，在大癲癇發作時，邊境牧羊犬會失去意識，且肌肉強力收縮，進而表現出全身強直的狀態，飼主可能觀察到犬隻突然倒下呈現側躺的姿勢且四肢伸直，之後肌肉才會逐漸放鬆，但偶有節律收縮的狀態，此時犬隻四肢會出現「划槳」樣動作。每次的癲癇都可能造成犬隻的受傷，若癲癇反覆發作時，犬隻需要使用藥物控制腦部異常放電的狀態，若藥物控制效果不佳時，為了犬隻生命品質，甚至需考慮安樂死犬隻。
牧羊犬眼球異常/先天性視網膜脈絡膜缺損、漸進性視網膜萎縮症、永久性瞳孔膜、玻璃體移位、白內障、視網膜增生不良
髖關節發育不良[11]、肘關節發育不良、髕骨異位、骨軟骨病
嗜中性白血球困阻症[47]、肝門脈系統分流
糖尿病、甲狀腺功能減退症
神經性蠟樣脂褐質沈著症、癲癇、小腦營養性衰竭
耳聾
