查理士小獵犬的頭骨大，呈現完整的圓拱型，此犬種容易發生枕骨發育不良，導致成犬時頭骨容易仍保持幼犬時的型態，但腦組織持續發育體增加，造成顱後窩體積不符導致腦組織脫出至脊隨腔。進而引發幾個顱骨畸形的腦部疾病，如: 如枕頸交界區畸形[15]、奇亞里畸形[15]、脊隨空洞症、水腦症。可能導致出現神經性疼痛、觸覺痛、感覺異常、隔空搔癢、脊柱側彎、步態異常等症狀，嚴重時會有共濟失調（指協調困難和步態不穩）、癲癇、吞嚥困難、顏面神經麻痺、失聰、失明及斜視。 挪威已禁止繁殖查理士小獵犬，認為嚴重傷害動物福利。
查理士小獵犬的眼睛佔頭臉面積的比例大及眼距較寬，大眼睛會導致此犬種發生角膜炎及乾眼症的風險大大提高。 因有較大、突出暴露的眼球表面及較淺的眼框眼窩，眼皮覆蓋保護眼角膜的比例較其他犬種低，使眼皮無法完全閉闔起來保護眼球，長期下來眼睛的保護性淚膜會較易受損，使角膜乾燥引起二度傷害及發炎感染，狗會非常疼痛且易造成失明 。
查理士小獵犬前額及眼周圍有皺褶，皮膚因過多皺摺無法通風，導致皺摺間悶熱潮濕易累積溼氣，容易發生細菌感染。除細菌感染造成皮膚發炎、脫皮、濕疹外，還可能因褶皺間摩擦造成皮膚破皮、掉毛、結痂 等，引起犬隻抓癢、舔、咬、增加磨蹭臉部及屁股，使症狀惡化。
短吻犬症候群指的是扁臉犬種常見的一系列症狀[21],[54]，如上呼吸道阻塞、巨大呼吸聲、運動不耐、打鼾、發紺、昏厥等，飼主應特別注意維持患有短吻犬症候群的犬隻呼吸順暢，並避免讓犬隻運動過度及生活在炎熱環境中。造成短吻犬症候群並非單純因為其扁臉特徵，這些短吻犬通常會伴隨如軟顎過長、鼻孔狹窄、喉囊外翻甚至氣管發育不全等問題，若需改善短吻犬症候群，則須逐一檢查導致短吻犬症候群的原因，並將問題透過外科手術矯正。
類奇亞里畸形／枕骨發育不全較常在小型犬上發現[21],[54]，因枕骨發育不全的查理士小獵犬，因顱腔過小，腦部組織無法妥善容納在顱腔內，患病的犬隻常表現出頸部疼痛、不斷對頭頸部抓癢、失去平衡、歪頭、四肢麻痺等症狀。
原發性分泌性中耳炎可能會因為軟顎或鼻咽孔的結構改變而發生[21], [46]，造成查理士小獵犬中耳積液，並表現出呼吸及神經症狀、頭部或頸部疼痛或聽力異常的可能，若此病繼發造成外耳炎時，可能會併發犬隻甩頭、搔癢的行為。通常需要透過耳膜手術進行治療，若此病的狀況反覆發生，不排除需要進行多次手術。
過敏性皮炎、皮脂腺囊腫、先天性角膜結膜炎及魚鱗狀皮膚病
視網膜增生不良、多生睫毛、角膜內皮失養症、白內障、先天性乾眼症、永久性瞳孔殘膜、小眼症
髖關節發育不良和股骨頭缺血性壞死、髕骨異位、肘關節發育不良、顳下頜關節發育不良[16]
股動脈閉塞／動脈血栓栓塞症
慢性二尖瓣病／二尖瓣脫垂
短吻犬症候群
臍帶疝氣、慢性胰腺炎
黃嘌呤尿症、黃嘌呤尿石症
胰臟腺胞萎縮、糖尿病、甲狀腺功能低下
脊髓空洞症、類奇亞里畸形／枕骨發育不全[15]、原因不明性癲癇
椎間盤突出疾病
突發性癱倒[25]、肌肉萎縮症
耳聾、原發性分泌性中耳炎
嗜酸性炎症
